Uma menina normal do planeta Terra, Bloom, vive uma vida perfeitamente normal na cidade de Gardenia até que encontra Stella, uma princesa e fada do planeta Solaria, que está num cerco. Ao ajudar Stella, Bloom descobre os seus poderes mágicos. Stella convida Bloom a ir para Alfea, a melhor e unica escola para fadas de toda a Dimensão Magica . Em Alfea, Bloom forma O Club Winx, cujos membros são suas quatro amigas e suas companheiras de quarto: Stella, Musa, Tecna e Flora. Depois na série, encontram e passam a ser amigas dos especialistas: Brandon, Riven, Timmy, e Sky. Os especialistas (chamados heróis na versão 4Kids) irão também tornar-se os interesses amorosos das meninas. Elas irão também encontrar inimigos, um trio de bruxas nomeadas Trix: Icy, Darcy e Stormy. As Trix são bruxas da Torre Nebulosa, uma escola de bruxas tão difícil quanto Alfea, na busca pela Chama do Dragão (chamada Fogo do Dragão na versão 4Kids) supondo que estava no anel mágico de Stella. O desespero das Trix em encontrar a chama do anel levou para muitos encontros e lutas com as Winx. Bloom também começa a aprender os segredos do seu planeta, parentes e poderes. Bloom vê nos seus sonhos uma ninfa chamada Daphne. Bloom acaba a descubrir que foi descoberta por seus pais Terrestres no meio de um incêndio e eles a adotaram. As Trix descobrem que quem guarda a Chama do Dragão é a Bloom. Roubam-na de Bloom e despertam o exército das Trevas, para dominarem Magix. As Winx tentam recuperar a chama do Dragão a qualquer custo. Bloom descobre que é princesa de Dominó, o Reino que o grande dragão escolheu para descansar depois de criar a dimensão Mágica, e que Daphne é sua irmã, que antes de morrer enviou a Bloom para um planeta em que quase não existia magia, a Terra. Bloom acredita em si mesma e recupera seus poderes. Todas as Escolas mágicas juntam-se contra as Trix. Bloom derrota Icy e as outras Trix, Darcy e Stormy. As Trix são presas em Rocha da Luz.
Depois das férias de Verão, as Winx retornam para Alfea para começar o segundo ano. Conhecem uma nova fada, Layla, que pede a ajuda delas para resgatar as pixies, as amigas delas que estão seqüestradas por Lord Darkar, a Fênix das Sombras. Darkar quer encontrar onde a Aldeia das pixies para obter um Codex, que na verdade são 4 (cujas peças estão na Aldeias das Pixies, Fonte Rubra, Torre Nebulosa e Alfea). Essas peças abrem um portal até o Relix onde se encontra o poder para controlar a Dimensão Mágica. As Trix também são libertadas de Rocha de Luz por Lord Darkar e decidem lutar ao lado dele. Após salvar as Pixies com a ajuda de um cavaleiro misterioso, as Winx voltam para Alfea e encontram Avallon, o cavaleiro misterioso, como seu novo professor. As Winx também encontram outro especialista, Helio, que tem um interesse romântico em Flora. Depois de as Trix roubarem o segundo Codex, Bloom é enfeitiçada, e torna-se Bloom Negra e ajuda Darkar a roubar o Codex de Alfea. Após isso, Avallon consegue tirar a Bloom do feitiço. Após consguir as 4 partes do Codex, Darkar descobre que presisa unir os seus poderes(A Fênix Negra), com os poderes da Chama do dragão e precisará usar Bloom para abrir o portal dos Relix, As Winx coseguem um novo poder, o Charmix. As fadas descobrem tarde demais que Avallon é um espião de Darkar, com a chegada do verdadeiro professor Avallon. O espião sequestra Bloom, e Darkar a transforma novamente em Bloom Negra. As outras Winx e os especialistas vão atrás de Bloom no castelo subterrâneo de Darkar. Darkar livra - se das Trix, que por vingança, se revoltam contra ele. Quando Bloom Negra alcança o poder Máximo no reino de Rélix, Sky declara o seu amor e faz com que Bloom volte ao normal. As Winx unem seus poderes Charmix e destroem Lord Darkar.
Temporada 3
Depois de serem banidas para a Dimensão Ômega, as Trix libertam Valtor, um feitçeiro misterioso, que quer se tornar o maior feiticeiro da dimensão mágica. Então começa a roubar os poderes dos reinos Mágicos. Começa pela Dimensão Ômega e põe em risco Andros, o reino de Layla. Layla parte para Andros para ajudar a combater o Valtor. Enquanto isso, Stella volta à Solária com Bloom pois o pai vai dar uma festa em sua homenagem. Chegando a Solária, Stella depara-se com a Condessa Cassandra e a filha Chimera, que pretendem tomar o poder e governar Solária. Para conseguirem isso, aliam-se a Valtor. Cassandra leva Valtor até a torre do poder do Sol e ele absorve a energia. Na festa de Stella, Chimera a transforma em um mostro, mas Brandom com a ajuda das Winx, quebra o feitiço no episódio seguinte. As Winx, menos Stella, partem para Andros para ajudar Layla. Valtor tem uma sensação estranha em relação a Bloom. No meio da batalha com as Trix, Bloom cai no Lago e Valtor a salva. Valtor acaba lutando com as Winx e deixa Layla cega. Layla salva a Rainha das Sereias e ganha seu Enchantix. Com os novos poderes cura-se da cegueira. Ocorre um Baile em Eraklion, mas a princesa Diáspro com a ajuda de Valtor enfeitiça Sky e faz Sky lutar contra as Winx. Sky magoa Bloom, Stella salva o seu pai e ganha o Enchantix. Com seus poderes Enchantix, Stella volta à Eraklion e liberta Sky do feitiço, mas as Winx partem deixando Sky para trás. Bloom descobre que Valtor também possui a chama do Dragão e que Faragonda fazia parte da companhia da Luz que lutou contra Valtor. Valtor domina Torre Nebulosa, ataca Alfea e luta contra Faragonda, transformando-a em uma árvore. Musa salva Galatea, a princesa de Melody em uma batalha com as Trix e ganha seu Enchantix. As Winx vão até o reino de Flora procurar uma cura para Faragonda e lá lutam contra as Trix. Flora salva a sua irmãzinha e ganha o Enchantix.
O Portal de Ômega está prestes a destruir Andros, e as Winx vão até lá. Tecna sacrifica - se e deseparece na dimensão Ômega, mas antes consegue a transformação Enchantix. As Winx vão à Torre Nebulosa lutar com Valtor mas não conseguem vencê-lo. Valtor mente á Bloom que matou os pais dela, para irritá-la. Bloom vai até a Ilha dos Dragões para se tornar mais forte. Valtor manda as Trix destruí-la. Ao lutar contra as Trix, Bloom supera toda fúria contra valtor ficando calma e libera o seu Enchantix. Bloom reencontra Sky e vão até Ômega se encontrar com as Winx, os especialistas e Tecna. No final, as Winx libertam Solária. As Trix abandonam Valtor e acabam presas em Rocha de Luz. As Winx vão lutar com Valtor para salvar os especialistas. Bloom usa contra ele usando o pó Magico. Valtor é derrotado. A 3º temporada foi uma das de mais sucesso do Clube Winx por causa da nova transformação, o Enchantix, e o vilão Valtor, um bruxo superpoderoso que vira o interesse amoroso das Trix.
Temporada 4
Após a graduação das Winx em Alfea, são convidadas para serem Professoras em Alfea. Faragonda mostra ás Winx o salão dos Encantamentos. Bloom descobre uma sala secreta onde estão os retratos dos inimigos de Magix: Lord Darkar, Valtor e as Trix. Faragonda diz as Winx que há uma transformação além do Enchantix. O Believix é a nova transformação na 4º temporada, onde as asas das fadas são mais potentes. Quando uma fada ganha seu Believix, passam a ter a habilidade de fazer alguém acreditar em magia. Os Feitiçeiros Do Círculo Negro Ogron, Gantlos, Duman e Anagan, que são os novos vilões nessa temporada, querem encontrar a última fada da Terra. Atacam Bloom, mas descobrem que ela não é quem eles procuram. Os Feitiçeiros descobrem a Roxy, a última fada na Terra, mas as Winx vão até a Terra protege-la. Roxy acredita que nas Winx, isso faz com que todas ganhem seu Believix. Mas o objectivo dos novos vilões muda com o passar da 4º temporada, para o círculo branco, um anel mágico em que as fadas da terra foram presas muitos séculos. Roxy ganha sua primeira transformação numa luta com os bruxos. Essa temporada se passa praticamente toda em Gardenia. Uma das curiosidades é que as Winx criam peluches mágicos, e passam a vendê-los numa loja em Gardenia a Love and Pet. Outra curiosidade é a aproximação dos especialistas com as Winx e Mitzi acaba intressada por Brandom. Uma última curiosidade é o fato de Roxy se tornar uma das Winx, se aproximando principalmente de Bloom, pelo facto das duas terem histórias parecidas. Esta é a única temporada do show em qual as Trix não estão presentes. Os E.U.A. televisão explica que o futuro da série é incerto, devido à interrupção do bloco 4Kids TV. No dia 12 de Setembro, o primeiro episódio foi lançado em Portugal pela TVI, seguido pelo segundo episódio no Domingo. Nos sábados é exibido às 7h30min e nos domingos às 8h30min. No Brasil, começou no dia 1 de Maio de 2010 as 11:00AM, sem comerciais avisando seu lançamento. E foi retira depois do episodeo 5 e a nick obteve os direitos da winx.
Temporada 5
Foi confirmada pela Rainbow, assim como pelo próprio criador da série, Ignio Straffi, que haverá uma quinta temporada que seguira os acontecimentos da anterior. O seu lançamento está programado para o fim de 2011. Será co-produzida pela Nickelodeon. Existem muitos rumores de novas tranformaçoes mas é provavel que não haja nenhuma e mesmo que haja, não será nenhuma daquelas feitas pelos fãns da série (angelix, dimentix, etc...).
Temporada 6
Ainda não se sabe nada sobre esta temporada, apenas que está confirmada!